Sebagai salah satu fakultas yang memiliki program studi perikanan dan ilmu kelautan yaitu Program Studi Ilmu Kelautan dan Program Studi Manejemen Sumberdaya Perairan, Fakultas Pertanian Universitas Trunojoyo Madura selalu berperan aktif dalam Forum Pimpinan Perguruan Tinggi Perikanan dan Kelautan (FP2TPK) se-Indonesia. Agar fakultas, program studi bidang perikanan dan kelautan selalu mengikuti perkembangan jaman, maka FP2TPK aktif melakukan pertemuan minimal 2 kali pertahun. Pada Tanggal 26-27 Februari 2024, FP2TPK mengadakan pertemuan ke-1 Tahun 2024 yang berlangsung di Hotel Mercure, Samarinda, Kalimantan Timur, dengan tuan rumah dari Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Mulawarman. Pada kesempatan tersebut, Fakultas Pertanian UTM aktif mengikuti pertemuan ke-1 FP2TPK tersebut diwakili oleh Dekan Fakultas Pertanian serta koordinator PS Ilmu Kelautan. Pada pertemuan ke-1 FP2TKI di Samarinda ini menghasilkan beberapa rekomendasi sebagai berikut: (1) tindak lanjut adopsi pulau pulau kecil, (2) Tindal lanjut perizinan pemanfaatan ruang laut untuk Universitas, (3) Restrukturisasi kurikulum berbasis kearifan local, (4) Peningkatan staf dosen bergelar insinyur serta pembukaan program studi profesi insinyur di universitas anggota, (5) finalisasi pembentukan LAM Perikanan dan Kelautan.
Pada pertemuan ini, Fakultas Pertanian UTM juka sekaligus melaksanakan penandatanganan Perjanjian Kerjasama dengan 2 Universitas. Perjanjian Kerjasama pertama yaitu dengan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Teuku Umar Aceh. Penandatanganan PKS diwakili oleh Dekan FP UTM Dr. M. Fuad F. Mu’tamar., STP., MSi., IPM., AEN. dan Dekan FPIK UTU Dr. Ir. Ismail Sulaiman, S.TP., Maitrise, M.Sc., IPU.
Sementara itu, Perjanjian Kerjasama kedua yaitu antara FP UTM dengan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Jenderal Soedirman. Penandatanganan PKS diwakili oleh Dekan FP UTM Dr. M. Fuad F. Mu’tamar., STP., MSi., IPM., AEN. dan Dekan FPIK Unsoed Dr. Endang Hilmi, MSi. Sekaligus pada kesempatan pertemuan ini, dilaksanakan penandatanganan Implementation Arrangement Tahun 2024 antara Program Studi Ilmu Keluatan Fakultas Perikanan Dan Ilmu Kelautan Universitas Diponegoro Dengan Program Studi Ilmu Keluatan Fakultas Pertanian Universitas Trunojoyo Madura sebagai tindak lanjut PKS antara FP UTM dan FPIK Undip tahun 2020.
