Fakultas Pertanian Universitas Trunojoyo Madura merupakan perkembangan dari Fakultas Pertanian Universitas Bangkalan yang berdiri sejak tahun 1981.Perubahan status Universitas Bangkalan dari Perguruan Tinggi Swasta (PTS) ke Perguruan Tinggi Negeri (PTN) terjadi pada tahun 2001 dan nama Perguruan Tinggi berubah menjadi Universitas Trunojoyo Madura. Pada saat ini Fakultas Pertanian memiliki 5 Program Studi Strata I yaitu Prodi Agroekoteknologi, Agribisnis, Ilmu Kelautan (IKL), Teknologi Industri Pertanian (TIP), dan Managemen Sumberdaya Perairan (MSP). Disamping itu FP juga memiliki Prodi Strata II (Magister) dengan nama Prodi Pengelolaan Sumberdaya Alam (PSDA).
