Laboratorium Fakultas Pertanian merupakan fasilitas pendukung kegiatan proses belajar mengajar. Laboratorium digunakan untuk kegiatan praktikum dan penelitian oleh mahasiswa dan dosen. Selain itu, laboratorium Fakultas Pertanian melayani jasa analisa dari luar Fakultas Pertanian. Laboratorium Fakultas Pertanian menempati ruangan di Gedung Laboratorium Terpadu UTM.
Laboratorium Agroteknologi
Laboratorium Pemuliaan Tanaman
Laboratorium Tanah
Laboratorium Hama Dan Penyakit
Laboratorium Fisiologi Tumbuhan
Laboratorium Mikro Biologi
Laboratorium Prodi Agribisnis
Laboratorium Komputasi
Laboratorium Bisnis dan Kewirausahaan
Laboratorium Analisis Agribisnis
Laboratorium Komunikasi dan Pengembangan Masyarakat
Laboratorium Prodi TIP
Laboratorium Analisis Mutu Agroindustri
Laboratorium Manajemen Limbah dan Lingkungan
Laboratorium Sistem dan Manajemen Agroindustri
Laboratorium Rekayasa dan komputasi
Laboratorium Rekayasa Proses dan Bioindustri
Laboratorium Bisnis Aplikasi Agroindustri
Unit Bisnis Aplikasi Agroindustri
Workshop
Laboratorium Prodi IKL
Laboratorium Bioteknologi Kelautan
Laboratorium Oseanografi
Laboratorium Biologi Kelautan
Laboratorium Teknologi Industri Garam
Laboratorium Budidaya Perairan
Laboratorium Komputasi Kelautan dan Perikanan
Laboratorium Prodi Manajemen Sumber daya Perairan
Laboratorium Pengelolaan Sumber Daya Perikanan
Laboratorium Lingkungan Sumberdaya Perairan