Fakultas Pertanian Universitas Trunojoyo Madura merupakan bagian dari Universitas, yang didirikan pada tahun 1981, ketika Universitas masih bernama Universitas Bangkalan. Fakultas ini memiliki hanya satu program studi yaitu Agronomi untuk jenjang sarjana S1. Universitas Bangkalan meupakan perguruan tinggi di bawah manajemen Yayasan Kyai Lemah Duwur, di bawah organisasi masa Musyawarah Kekeluargaan Gotong Royong (MKGR). Dosen tetap Fakultas Pertanian kebanyakan adalah lulusan Universitas Brawijaya, selain itu ada juga beberapa dosen tetap yang merupakan alumni Universitas Negeri Jember, Institut Pertanian Bogor, Universitas Sebelas Maret, dan Universitas Gadjah Mada. Latar belakang para dosen tetap tersebut dari berbagai program studi, antara lain agronomi, budi daya, sosial ekonomi, ilmu tanah, proteksi tanaman, mekanisasi pertanian, teknologi pengolahan hasil pertanian, dan beberapa ilmu dasar seperti biologi, dan fisika. Proses perubahan menjadi perguruan tinggi negeri ditetapkan berdasarkan Keputusan Presiden RI Nomor 85 Tahun 2001 tertanggal 5 Juli 2001, yang diresmikan pada tanggal 23 Juli 2001.Sejak berganti status menjadi perguruan tinggi negeri, Fakultas Pertanian membuka tiga program studi baru, yaitu: studi pada Fakultas Pertanian yaitu Ilmu Kelautan (S1), Teknologi Industri Pertanian (S1) dan Agribisnis (S1). Pemilihan program studi baru ini ditujukan untuk mengisi kekurangan program studi yang masih terbilang langka saat itu. Sebagai konsekuensinya, dilakukan rekrutmenbeberapa dosen baru serta perlengkapan perangkat lainnya seperti kurikulum, dan peralatan laboratorium. Karena beberapa program studi merupakan program studi yang masih langka, maka tenaga dosen yang terekrut banyak yang masih berkualifikasi S1, terutama program studi Ilmu Kelautan dan Teknologi Industri Pertanian. Sebagai lembaga baru, program studi-program studi baru masih memiliki jumlah mahasiswa yang sangat sedikit pada awalnya. Akan tetapi jumlah ini semakin bertambah di tahun-tahun berikutnya, bersamaan dengan jumlah dosen yang juga semakin banyak untuk memberikan pelayanan yang lebih baik. Peningkatan kapasitas para dosen dimulai dengan pengiriman dosen yang masih berkualifikasi S1 untuk melanjutkan studi ke jenjang S2. Selain itu, diberi prioritas melanjutkan studi bagi para dosen yang telah berkualifikasi S2, jika mampu mengakses beasiswa untuk studi di luar negeri. Seiring dengan kapasitas lembaga yang semakin baik, Fakultas mulai mengikuti kegiatan-kegiatan dosen dan mahasiswa berskala nasional. Beberapa dosen berhasil mendapatkan dana untuk penelitian atau kegiatan lain dari Dirjen Pendidikan Tinggi. Demikian pula publikasi dan seminar nasional serta internasional di dalam dan luar negeri. Beberapa hibah untuk peningkatan kompetensi institusi juga pernah diterima, antara lain hibah A1, dan SP4.
Dengan fondasi yang cukup baik saat ini, maka diperlukan strategi untuk keberlanjutan Fakultas ini di masa mendatang.Dalam hal ini, diperlukan strategi yang tepat untuk menyiapkan antisipasi kondisi masa depan, berdasarkan tinjauan yang teliti tentang potensi dan kelemahan lembaga
serta pandangan terhadap kondisi eksternal saat ini dan saat mendatang.